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Wenn man einen Termin auf dem PC bearbeitet und das Syncen vergisst und dann denselben Termin noch einmal auf dem Smartphone bearbeitet, wird beim Syncen die ältere Version vom PC verwendet und ersetzt die neuere Version vom Smartphone.

Das ist leider so und lässt sich nicht ändern.
Siehe Synchronisationsrichtung bei Sync "Nur MyPhoneExplorer"

Noch als Erklärung WARUM das so ist.
Es ist technsich nciht möglich herauszufinden zu welchem Zeitpunkt ein Termin im Handy geändert wurde - aus diesem Grund gibt MyPhoneExplorer in diesem Fall der eigenen Datenbank den Vorrang.